Foi construída pela Irmandade de São Pedro dos Clérigos, composta de padres seculares. O templo foi fundado em 1731, sob os auspícios do bispo Dom Manuel da Cruz, e segundo Cláudia Damasceno Fonseca a ereção do edifício foi encarregada ao construtor português José Pereira dos Santos com a colaboração de Manuel Francisco de Araújo, mas as obras só começaram em 1753 com a preparação do terreno, e avançaram com muita lentidão, com ciclos de atividade e paralisação, prolongando-se até o século XIX e jamais sendo concluída, sendo abandonada em torno de 1820 sem que as torres tivessem sido erguidas.

Elas só seriam completadas entre 1920-1922 em um estilo um tanto diferente, sob a supervisão do padre e arquiteto Arthur Hoyer. A decoração do interior tampouco foi executada, salvo o altar-mor, e mesmo este ficou incompleto, nunca recebendo a típica douração e pintura. No entanto, é uma obra de talha em madeira de qualidade superior, e abriga uma estátua de São Pedro de grande tamanho e sofisticada execução.Sua planta tem grande originalidade, atribuída a Antônio Pereira de Sousa Calheiros, responsável também pela Igreja Nossa Senhora do Rosário, em Ouro Preto.

É desenhada sobre duas elipses entrelaçadas e um módulo retangular na parte posterior, que é ocupado pela sacristia. Este formado, extremamente raro no Brasil, tradicionalmente era preferencial nas irmandades de São Pedro, por ser uma reminiscência da rotunda da Basílica de São Pedro no Vaticano. As torres têm seção quadrada e o teto é côncavo.